Samus ha sido informada por Adam de un grave peligro desconocido, del que los piratas hacen parte. No es phazon, no son los metroids... ¿Qué puede ser, entonces? En su viaje, se reunirá con Isaac Clarke, quien, con sus estudios de ingienería, le ayudará a descubrir la fuente de energía tan desconocida y peligrosa. Se encontrará con seres de su pasado que no esperaba encontrar..

It's been ten months since Samus beat Dark Samus and met a new friend. The Galactic Federation goes to give Samus some time off when something happens elswhere in the universe. Now Samus and her new friend must figure out what the new threat is and live.